ここ半年近く悩まされた話。
ロジクールのマウス（ここでも紹介した、MX Revolutionです）を、SafeBootなるHDD暗号化ソフトによって暗号化されたパソコンで使っていました。 基本的にマウスのレシーバは決めたUSBポートに挿しっぱなしにするのですが、稀に後挿しすることがありました。
マウスのレシーバを後挿ししたときに、パソコンが固まることがありました。 固まって何もできなくなったので、強制的に電源を落として立ち上げなおしをするのですが、通常起動ができず、さらにはセーフモードでも起動ができなくなります。 ひどいときには、C0000218というコードを伴ったUnknown Hard Errorというのが表示されてしまいました。
エラーが起こるたびに、SafeBootの暗号化を一旦解除してもらってHDDの修復を試み、レジストリのバックアップを戻して起動を試みたりしました。 データとしてファイルは残るんですが、デスクトップ環境などレジストリが絡んでいる情報が飛んでしまって、ソフトウェアのアンインストールすらできない（けどソフトはファイルとしては残っている）状態になって困ったこともあります。
ここからは推測ですが、ロジクールのマウスのソフトウェア「SetPoint」が怪しいんじゃないかと思います。
HDD暗号化ソフトよりも常駐の優先度が高いところにいて、暗号化されて保存されているファイルを暗号化を解かずにSetPointのサービスからレジストリを書き換えてしまって、レジストリに深刻なダメージを与えてしまっているのではないでしょうか。
会社の方針としてHDD暗号化ソフトは必ず入れなければいけないので、SetPointなしでマウスを使ってきましたが、特別なボタンが動作しないとかカスタマイズできないので、ロジクールでもマイクロソフトでもない、OSが持つ標準ドライバで動くUSBマウスを使っています。
SetPointにレジストリを破壊されるケース。
